Selain 300 karya lukisan Affandi sendiri, dalam museum ini juga tersimpan lukisan dari para pelukis Indonesia lainnya, antara lain: Basuki Abdullah, Popo Iskandar, Sudjojono, Hendra Gunawan, Barli, dan Muchtar Apin. Selain itu terdapat patung karya Amrus Natalsya, dan cukil kayu poles karya keluarga Tjokot.
Awal mula museum ini adalah Galeri I yang dirancang sendiri oleh Affandi dengan biaya hasil penjualan lukisan-lukisannya. Pembangunan Galeri I ini selesai pada tahun 1962 dan diresmikan pada tahun 1974 oleh Prof. Ida Bagus Mantra yang saat itu menjabat sebagai Direktur Kebudayaan Umum. Pembangunan Galeri II dilakukan dengan bantuan dari Pemerintah Indonesia melalui kunjungan Presiden Soeharto.
Galeri
Penataan koleksi dilakukan berdasarkan karakteristik dan ciri khas dari tiap karya. Lukisan yang dipajang disusun dalam dua baris atas bawah yang memanjang memenuhi ruangan berbentuk lengkung, lukisan yang dipamerkan sendiri umumnya berupa sketsa dan karya reproduksi.
Galeri I
Pada Galeri I pengunjung dapat menemui penjualan tiket serta pusat informasi. Galeri I berisi karya-karya Affandi mulai dari awal hingga akhir karirnya, selain itu terdapat beberapa benda yang berhubungan dengan hidup Affandi seperti sepeda ontel, mobil sedan kuno, sandal jepit, kuas, ember, kain sarung, kliping berita koran, dan foto-foto.
Galeri II
Pada awalnya galeri ini digunakan untuk memamerkan lukisan-lukisan karya Affandi yang dijual, dalam perkembangannya galeri ini digunakan sebagai ruang pamer koleksi lukisan karya pelukis lain. Galeri ini terdiri dari dua lantai, lantai pertama berisi lukisan-lukisan bersifat abstrak sedangkan lantai dua didominasi lukisan bercorak realis.
Galeri III
Galeri ini terdiri dari dua lantai, lantai pertama digunakan sebagai ruang pamer karya lukis keluarga Affandi seperti lukisan-lukisan karya Kartika Affandi, putri Affandi. Salah satu contoh karyanya antara lain lukisan berjudul “Apa yang Harus Kuperbuat” (Januari 1999), dan “Apa Salahku? Mengapa ini Harus Terjadi” (Februari 1999). Sedangkan lantai kedua galeri ini digunakan sebagai ruang perawatan lukisan.Sumber